次氯酸钠杀菌效力同氯气相当，属于真正高效、广谱、安全的強力灭菌药剂。其优点主要有：1.投加准确，与氯气相比，达到出厂水余氯含量，使用次氯酸钠溶液消耗相对较少。由于氯气在投加于水中时未能全部溶解，需要考虑一定的过量系数，投加同样量时次氯酸钠与水的亲和力好，能与水任意比互溶，效果比投加氯气要好，而且操作安全，使用方便；2.次氯酸钠消毒的管网余氯衰减要比氯气消毒游离余氯衰减略慢，主要是次氯酸钠在水中的水解要比氯气慢，且呈碱性，更具有持续的消毒能力；3.与氯气消毒相比，次氯酸钠安全风险较低，不存在泄露危害人体生命安全等问题，不产生有毒、有害副产物，有研究表明，次氯酸钠消毒时出厂水中二氯乙酸（DCAA）低于液氯消毒，而三氯乙酸（TCAA）二者基本相当。次氯酸钠消毒时出厂水中三卤甲烷（THMs）低于液氯，四氯化碳（CCl4）二者基本相当。总体，次氯酸钠消毒副产物量低于液氯。4.次氯酸钠也不会象氯气同水反应会最后形成盐酸那样，对金属管道构成严重腐蚀。同时便于运输，原料易得。
但其亦有以下缺不足：使用成本较氯气高（含设备投入）缺乏适合于饮用水使用的质量标准，成品次氯酸钠的质量难于控制，若非现场发生，运输量显著增加（一般质量浓度为10%）；可能存在无机副产物氯酸盐（ClO3-）问题。ClO-发生歧化反应生成：3ClO-→ClO3-+2Cl-
此反应共分为两步：
2ClO-→ClO2-+2Cl- 和 ClO2- +ClO-→ClO3-+Cl-
当次氯酸钠溶液中CLO-的含量越高（也就是次氯酸钠溶液的有效氯浓度），CLO-发生歧化反应的数量就越多，较高浓度的成品次氯酸钠溶液存放时间越长，CLO-发生歧化反应的数量也会越多。
采用氢氧化钠吸收氯气生产次氯酸钠的过程中，如果温度控制不当，也可能产生氯酸盐。
国家饮用水卫生标准（GB5749-2006）对CLO3-（氯酸根）的限值是0.7ppm，在全国水质抽样过程中，因为使用成品高浓度次氯酸钠溶液作为消毒的水厂发生氯酸根超标的现象时有发生。